NT系デュアルブートの基礎知識

Windows Vista以前のWindowsは共通のアクティブパーティションにローダを配置します。
特に、NT系の全てのWindowsは ntldrと ntdetect.comを使うので、古いバージョンのWindowsを入れると、先に入れた新しいバージョンのOSが起動できなくなってしまいます。
より、新しいバージョンのntldrとntdetect.comをバックアップしておき、全てのインストールが完了したら、戻すようにするとよいようです。

Windows 2000 のインストール後 Windows XP を起動できない
デュアル ブート構成にしたコンピュータで Windows Server 2003 が起動しない

後、bootfont.bin は日本語表示をするためのファイルなのですが、NT・2000・XPでそれぞれ中身が異なります。
日本語表示が不要であれば、削除してしまうこともできます。
Incorrect Characters Displayed in Progress Bar When Starting Windows 2000
XP版を使うと、Boot.iniの中身も日本語で表示できるようになります。

Windows NT/2000はWindows のデフォルトフォルダが WINNT、XPは WINDOWSです。
NT/2000とXPはWINDOWSフォルダを変更しなくても 1ドライブでマルチブート可能ですが、Program Filesが共有になってしまうので、Internet Explorerなどで問題があるかもしれません。（IE7のiexplor.exeはNT/2000では起動できません。）